St Paul fut décapité en 67, à 3 km de l’emplacement de la Basilique. Comme St Pierre, il a été enseveli à proximité du lieu de son martyre. Son corps a été confié à une femme, Lucina, qui l’inhuma aux côtés des membres de sa famille, via Ostiense. Un monument édifié sur sa tombe attira de nombreux pèlerins. C’est au IIème siècle que Gaïus situe le trophée de l’Apôtre sur la route qui conduit à Ostie. Sur ce trophée, Constantin construit en 313 une basilique remplacée dès 390 par une autre plus grande : St Paul Hors les Murs. C’était la plus grande basilique de Rome avant la reconstruction de St Pierre au XVIème siècle. Un incendie la ravagea en 1823. Elle fut alors entièrement reconstruite. Le plan original de la Basilique a été préservé. La tombe de Paul se trouve sous l’autel majeur.

On accède au baptistère par le fond du transept droit, puis au cloître roman (XIIème-XIIIème siècle). Les galeries du cloître abritent de nombreux vestiges de la basilique antique.